Il microbiota del tratto respiratorio superiore ha un ruolo fondamentale nella patogenesi e nel trattamento della tubercolosi polmonare.
Tuttavia è anche implicato nell'ambito delle riacutizzazioni dell'asma, nella modulazione della risposta immune e quindi della efficacia delle comuni terapie.
Il microbioma polmonare sembra inoltre implicato nella progressione dell'IPF e la sua interazione con il sistema immunitario.
Sembra avere un ruolo nella patogenesi del tumore polmonare così come affermato anche dalla monografia dell'ERS.
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